C'est en 1958 que l'on décida de construire, dans les quartiers périphériques de Marseille, de nouveaux lycées, dont le lycée Marcel Pagnol à Saint Loup où le père de l'écrivain avait été instituteur au début du siècle.

L'architecte Egger fut chargé de l'édification des bâtiments, sis au 128 Chemin de Saint Loup, dans le XI° arrondissement. Le nouveau lycée s'élevait alors dans une des nombreuses "campagnes" qui ont entouré Marseille jusqu'à la Seconde Guerre Mondiale. De cette propriété subsiste la grande allée de platanes qui constitue l'allée principale du lycée. Le nouvel établissement était constitué de cinq bâtiments disposés autour d'une vaste cour décorée d'un bassin surmonté d'un astrolabe. Un gymnase moderne complétait l'ensemble.

Le Lycée Est, comme il était nommé alors, commença à fonctionner à la rentrée de 1961, comme annexe du Lycée Thiers. L'arrivée des rapatriés d'Algérie fit considérablement augmenter le nombre d'élèves à la rentrée de 1962. C'est en septembre 1963 que le lycée devint autonome. Les effectifs de l'établissement ne cessèrent de croître jusqu'en 1978 et il compta même deux annexes de 1972 à 1974. Il totalisait alors plus de 3000 élèves.

La loi Fouchet, qui avait décidé la création de collèges d'enseignement secondaire, séparant des lycées le premier cycle des études secondaires, fut appliquée en 1978 au lycée Est, devenu officiellement Lycée Marcel Pagnol, après le décès de son illustre parrain qui l'avait inauguré en 1962. Dès lors le lycée Marcel Pagnol se voyait amputé de son premier cycle, devenu Collège des Bartavelles.

Durant ses 40 années d'existence, le lycée qui a accueilli les élèves originaires de la vallée de l'Huveaune, a été la pépinière de nombreux et brillants sujets. Parmi ses anciens élèves, plusieurs ont connu de remarquables réussites, dans les domaines les plus variés. Nombreux sont les anciens du lycée qui ont été lauréats de grandes écoles : H.E.C., Polytechnique, Ecole Nationale d'Administration ...

Depuis 1987, le lycée a enrichi sa palette de formation par la création successive de trois BTS : Assistants de Gestion, Comptabilité-Gestion et Force de Vente. Avec le GRETA de la vallée de l'Huveaune et la BNP, il assure une quatrième formation de BTS Action Commerciale.

Depuis sa création, le lycée a vu se succéder cinq proviseurs : M. Benne qui assurait la direction en 1962 lors Marcel Pagnol vint inaugurer l'établissement du quartier qu'il avait connu enfant, M. Deverdun, Mlle de Cazals, M. Pradeilles, M. Dilate et l'actuel proviseur M. Huyghe.